明代的专题本草取得了瞩目成就。炮制方面，缪希雍的《炮炙大法》是明代影响最大的炮制专著，书中所述的“雷公炮制十七法”对后世影响很大。炮制方法不断完善的同时，炮制技术也不断提高。明末的《白猿经》记载了用新鲜乌头榨汁、日晒、烟熏，使药面上结成冰，冰即是乌头碱的结晶，比起十九世纪欧洲人从鸦片中提出吗啡——号称世界第一种生物碱还要早100多年。食疗方面，朱橚的《救荒本草》（1406年）为饥馑年代救荒所著，书中将民间可供食用的救荒草木，按实物绘图，标明出产环境、形态特征、性味及食用方法。本书既扩大了食物资源，又丰富了植物学、本草学内容，有一定科学价值。药用植物方面，李中立于公元1612年编著的《本草原始》，对本草名实、性味、形态加以考证，绘图逼真，注重生药学的研究。地方本草方面，兰茂（公元1397～1476年）编著的《滇南本草》，是一部专门记载云南地区药物知识的地方本草。
清代（公元1644~1911年）：在《本草纲目》的影响下，研究本草之风盛行。一是由于医药学的发展，进一步补充修订《本草纲目》的不足，如赵学敏的《本草纲目拾遗》；二是配合临床需要，以符合实用为原则，由博返约，对《本草纲目》进行摘要、精减、整理工作，如汪昂的《本草备要》、吴仪洛的《本草从新》等；三是受考据之风影响，从明末至清代，不少学者从古本草文献中重辑《神农本草经》，如孙星衍、顾观光等人的辑本，不少医家还对《神农本草经》作了考证注释工作，如《本经逢原》。
《本草纲目拾遗》（1765年）为赵学敏所著，全书共十卷，载药921种，在《本草纲目》之外新增药物716种。按《本草纲目》16部分类，除人部外，把金石分为两部，又增藤、花两部，共18部。补充了太子参、于术、西洋参、冬虫夏草、银柴胡等临床常用药；及马尾连、金钱草、独角莲、万年青、鸦胆子等疗效确切的民间草药；同时还收集了金鸡勒、香草、臭草等外来药，极大地丰富了本草学的内容。它不仅拾《本草纲目》之遗，而且对《本草纲目》已载药物治疗未备、根实未祥者，也详加补充。卷首列正误34条，对《本草纲目》中的错误加以订正。他在《本草纲目》的基础上创造性发展了本草学，出色的完成了我国本草学第六次大总结，他是继李时珍之后我国又一位伟大的药物学家。
以《本草纲目》为基础，删繁就简，切合实用的本草著作有刘若金的《本草述》（1666年）。全书32卷，依《本草纲目》分类法，集691种常用药，重点介绍药性特点及临床应用，引证各家论述，参以已见，是一部很有影响的著作。杨时泰将本书再次精减整理，编辑成《本草述钩元》。汪昂的《本草备要》（1694年），全书8卷，从《本草纲目》选录478种临床常用药，概述性味、主治功用，附图400余幅，在凡例和药性总义中阐述汪氏见解，卷帙不繁，内容精炼，广为流传。吴仪洛的《本草从新》（1757年）为补订《本草备要》而作，载药721种，除介绍性味、主治外，对辨伪、修治也有论述，内容更加完善，深受医家喜爱。《得配本草》（1761年）为严西亭所著，全书十卷，附药考一篇，选自《本草纲目》647种药，除论述药性主治外，重点详述各药之间的相互配伍应用，是一部探讨中药配伍规律的本草。黄宫绣的《本草求真》（1769年），十卷，载药520种，上篇详述药物形态、性味、功用等，下编阐述脏腑病证主药、六淫病证主药、药物总义等内容，也是切合临床实际的本草。此外，王子接的《得宜本草》、黄元御的《玉楸药解》都是属于这类由繁返约的本草。
从历代医药文献中重辑《神农本草经》，现行版本有孙星衍、孙冯翼合辑本（1799年），三卷，载药365种，取材于《证类本草》，并校以《太平御览》等，每药正文之后，增加了《吴普本草》、《名医别录》及其它文献资料，是一部学术水平较高、影响较大的重辑本。顾观光辑本（1844年），四卷，也取材于《证类本草》，按《本草纲目》所载“本草经药物目录”编排，除考证书中条文外，对药物也作了一些校勘，虽不如孙本完善，但突出了用药原则，是本书特点。再有日本森立之辑本（1854年），三卷，考异一卷。书中药品次序、文字均系采自《新修本草》，并参考了《千金方》、《医心方》及日本《本草和名》等书而辑成，载药357种。因《新修本草》所收《神农本草经》的资料最接近原书内容，故森立之所辑原文也最可靠，同时所附考异一卷，引证广博而严谨，很有学术价值，这是迄今较为完善的辑本。此外，还有明·卢复、清·黄奭等辑本，对学习研究《神农本草经》都有参考价值。
注释发挥《神农本草经》的著作，明末（1625年）缪希雍即写成《神农本草经疏》。全书30卷，载药490味，据经以疏义，缘义以致用，互参以尽其长，简误以防其失，以《神农本草经》、《别录》等主要文献为依据，结合临床实际、注释、订正、阐明药性，多有发挥，并附各家主治、配方、禁忌等内容，是部很有影响的本草学著作，故前人有“经疏出而本草亡”的赞誉。继《神农本草经疏》之后，清代有邹澍的《本经疏证》（1837年）、《本经续要》（1840年），作者以《神农本草经》为主，以《别录》、《唐本草》和《本草图经》为辅，取《伤寒》、《金匮》、《千金》、《外台》各书古方，交互参考，逐一疏解。他以经方解释《本经》，用《本经》分析古方，注疏中注意理论联系实际，对研究《本经》和汉、唐经方、古方颇有影响。张璐的《本经逢原》（1695年），四卷，以《神农本草经》为基础，载药700余种，阐述药物的性味、效用、真伪优劣等，论述中选用诸家治法及本人治验心得，是部侧重实用、宜于临床参考的著作。张志聪的《本草崇原》（1767年），三卷、收《神农本草经》药物290种，每药先列《神农本草经》原文，然后注释包括别名、产地、历代医家见解、临床应用等内容，阐述纲要详尽，且多有发挥。此外，《本草经解》、《神农本草经合注》等，都是很有影响的《神农本草经》注疏专著。
清代专题类本草门类齐全，其中也不乏佳作。如张仲岩的《修事指南》，它是张仲岩将历代各家有关炮制记载综合归纳而成，该书较为系统地论述了各种炮制方法。又如吴其浚的《植物名实图考》，书中每种植物均详记形态、产地、栽培、用途、药用部位、效用治验等内容，并附有插图，为我们研究药用植物提供了宝贵的文献资料。
民国时期（公元1911～1949年）:“改良中医药”、“中医药科学化”、“创立新中医”等口号风行一时，形成民国时期中医药学发展的一大特色。这一时期我国医学发展的总特点是中西医药并存。虽然国民政府对中医药采取了不支持和歧视的政策，但在志士仁人的努力下，中医药学以其顽强的生命力，依然继续向前发展，并取得了不少成果。
中药辞书的产生和发展是民国时期中药学发展的一项重要成就，其中成就和影响最大的当推陈存仁主编的《中国药学大辞典》，全书约200万字，收录词目4300条，既广罗古籍，又博采新说，且附有标本图册，受到药界之推崇。虽有不少错讹，仍不失为近代第一部具有重要影响的大型药学丛书。
这一时期，随着中医或中医药院校的出现，涌现了一批适应教学和临床适用需要的中药学讲义。如浙江兰溪中医学校张山雷编撰的《本草正义》。该书分类承唐宋旧例，对药物功效则根据作者实际观察到的情况及临症用药的具体疗效加以阐述，且对有关中药鉴别、炮制、煎煮方法等亦加以论述，目的在于让学生既会用药，又会识药、制药，掌握更多的中药学知识。属于这类教材的还有上海中医专门学校秦伯未的《药物学》、浙江中医专门学校何廉臣的《实验药物学》、天津国医函授学校张锡纯的《药物讲义》等，对各药功用主治的论述大为充实。
民国时期，随着西方药学知识和化学、生物学、物理学等近代科学技术在我国的迅速传播和发展，初步建立了以中药为主要研究对象的药用动物学、药用植物学、生药学、中药鉴定学、中药药理学等新的学科。在当时条件下，其成果集中在中药的生药、药理、化学分析、有效成分提取及临床验证等方面，对本草学发展所做的贡献应当充分肯定。
新中国成立后（1949年10月以后）：建国50年来，我国社会主义事业取得了伟大成就，政治稳定，经济繁荣，重大科学技术研究成果层出不穷。许多先进技术被引进到医药学中，大大促进了中医药学的发展。政府高度重视中医药事业的继承和发扬，并制定了一系列相应的政策和措施，使中医药事业走上了健康发展的轨道，本草学也取得了前所未有的成就。
从1954年起，各地出版部门根据卫生部的安排和建议，积极进行历代中医药书籍的整理刊行。在本草方面，陆续影印、重刊或校点评注了《神农本草经》、《新修本草》（残卷）、《证类本草》、《滇南本草》、《本草品汇精要》、《本草纲目》等数十种重要的古代本草专著。60年代以来，对亡佚本草的辑复也取得突出成绩，其中有些已正式出版发行，对本草学的研究、发展做出了较大贡献。
当前涌现的中药新著，数量繁多且种类齐全，从各个角度将本草学提高到崭新的水平。其中最能反映当代本草学术成就的，有各版《中华人民共和国药典》、《中药大辞典》、《中药志》、《全国中草药汇编》、《原色中国本草图鉴》、《中华本草》等。《中华人民共和国药典·一部》作为中药生产、供应、检验和使用的依据，以法典的形式确定了中药在当代医药卫生事业中的地位，也为中药材及中药制剂质量的提高，标准的确定起了巨大的促进作用，在一定程度上反映当代药学水平。《中药大辞典》（1977年）由江苏新医学院编写，分上、下册及附编三部分，共收载中药5767种，包括植物药4773种，动物药740种，矿物药82种，传统作单味使用的加工制成品172种，如升药、神曲等。主要原植（动）物药材均附以墨线图。全书内容丰富，资料齐全、系统，引文直接标注最早出处，或始载文献，有重要的文献价值，是建国以来中药最全面的巨型工具书之一。《中药志》由中国医学科学院药物研究所等编写，1959年出版。其特点是在广泛调查研究的基础上，采用现代的科学方法和手段，对中草药质量的真伪优劣进行鉴别和比较，以保证用药的准确性。另一特点是增加了本草考证等方面的内容。《全国中草药汇编》由中医研究院中药研究所、中国医学科学院药物研究所、北京药品生物制品检定所会同全国九省二市及北京的有关单位的代表组成编写组，负责编写整理及绘图工作，于1975年9月和1986年7月两次由人民卫生出版社出版。全书分文字与图谱两部分。文字部份分上、下两册；正文收载中草药2202种，附录1723种，连同附注中记载的中草药，总数在4000种以上，并附墨线图近3000幅。为配合正文而编绘的《全国中草药汇编彩色图谱》选收中草药彩图1156幅。本书是在大量征集资料和调查研究的基础上，比较系统地、全面地整理了全国中草药关于认、采、种、养、制、用等方面的经验与有关国内外科研技术资料，内容正确可靠、重点突出、便于应用，其实质相当于一部70年代的“现代实用本草”，是对建国20多年来中药研究和应用的一次大总结。《中华本草》（1999年）涵盖了当今中药学的几乎全部内容，它总结了我国两千多年来中药学成就，学科涉猎众多，资料收罗宏丰，分类先进，项目齐全，载药8980种，在全面继承传统本草学成就的基础上，增加了化学成分、药理制剂、药材鉴定和临床报道等内容，在深度和广度上，超过了以往的本草文献，可以说该书是一部反映20世纪中药学科发展水平的综合性本草巨著。
建国以来，政府先后三次组织各方面人员进行了全国性的药源普查。通过普查，基本上摸清了天然药物的种类、产区分布、生态环境、野生资源、蕴藏量、收购量和社会需要量等。在资源调查的基础上，编著出版了全国性的中药志及一大批药用植物志、药用动物志及地区性的中药志，蒙、藏、维、傣、苗、彝等少数民族药也得到科学整理。1999年通过全国普查，使目前的中药总数达到12800余种。普查中发现的国产沉香、马钱子、安息香、阿魏、萝芙木等，已经开发利用，并能在相当程度上满足国内需求，而不再完全依赖进口。
随着现代自然科学的迅速发展及中药事业自身发展的需要，中药的现代研究在深度和广度上都取得了瞩目成就，中药鉴定学、中药化学、中药药理学、中药炮制学、中药药剂学等分支学科都取得了很大发展。建国后中药鉴定工作广泛地开展，特别是在本草考证、基原鉴定、性状及经验鉴定、显微鉴定、理化鉴定等方面做了大量的工作；用现代科学方法对中药做了大量化学研究工作，发现了不少抗癌药物、防治心血管疾病的药物、抗寄生虫病药物、抗菌抗病毒药物、防治肝炎的药物，还对常用传统中药进行较系统的化学研究、有的还以酶或受体等生物学指标筛选化学成分，获得较好的成绩；中药药理学研究成绩也很显著，在系统药理学（如心血管药药理、抗癌药药理、免疫药药理等）、证候药理学（如清热解毒药、活血化瘀药、补益药等）、中药有效成分的代谢及药代动力学等方面均取得较好的进展；中药炮制方面的研究主要表现在结合中医临床用药理论和经验，对古今炮制文献进行了整理和研究，应用化学分析、仪器分析及药理学、免疫学等多种现代科学技术，探索炮制原理，寻找制定合理的炮制方法，改进炮制工艺，制订饮片质量标准等方面；中药制剂的研究在工艺、剂型、药理、药效、毒理、质量控制、临床应用等方面都取得了较大成就。