十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千馀人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢衆五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。六年二月丁亥，屠广固，超踰城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。
初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃至番禺说循曰：「今日之机，万不可失。若克京都，刘公虽还，无能爲也。」循从之。是月，寇南康、庐陵、豫章诸郡，郡守皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章，内外震骇，朝议欲奉乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼尚未至。
四月癸未，帝至都。刘毅自表南征，帝以贼新捷锋锐，须严军偕进，使刘藩止之，毅不从。五月壬午，卢循败毅于桑落洲。及审帝凯入，相视失色，欲还寻阳，平江陵，据二州以抗朝廷。道覆请乘胜遂下，争之旬日，乃从。
于时北师始还，伤痍未复，战士才数千，贼衆十余万，舳舻亘千里。孟昶、诸葛长人惧，欲拥天子过江，帝曰：「今兵士虽少，犹足一战，若其克济，臣主同休；如其不然，不复能草间求活，吾计决矣。」初，帝征慕容超，惟孟昶劝行，丙辰，昶乃表天子，引罪，仰药而死。
时议者欲分兵屯守诸津，帝曰：「贼衆我寡，分其兵则人测虚实，一处失利，则沮三军之心，若聚衆石头，则衆力不分。」戊午，帝移镇石城。乙丑，贼大至，帝曰：「贼若新亭直上，且将避之；若回泊蔡洲，成禽耳。」徐道覆欲自新亭焚舟而战，循多疑少决，每求万全，乃泊蔡洲以待军溃。帝登石头以望，见之，悦。庚辰，贼设伏于南岸，疑兵向白石。帝率刘毅、诸葛长人北拒焉，留参军徐赤特戍查浦，戒令勿战。帝既北，贼焚查浦而至张侯桥，赤特与战，大败，贼进屯丹阳郡。帝驰还石头，斩徐赤特。解甲久之，乃出阵于南塘。七月庚申，循自蔡洲退，将还归寻阳，帝遣辅国将军王仲德等追之。使建威将军孙处自海道袭番禺，戒之曰：「我十二月必破祅寇，卿亦足至番禺，先倾其巢窟也。」
十月，帝率舟师南伐，使刘毅监太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荆州刺史刘道规大破之，道覆走还湓口。十一月，孙处至番禺，克其城，卢循父嘏奔始兴，处抚其人以守。十二月己卯，大军次大雷。庚辰，贼方江而下，帝躬提幡鼓，命衆军齐力击之，军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之，因风水之势，贼舰悉薄西岸，岸上军先备火具焚之，大败。循还寻阳，遂走豫章，悉力栅左里。丙申，大军次左里，将战，帝麾之，麾竿折，幡沈于水，衆咸惧，帝笑曰：「昔覆舟之役亦如此，今胜必矣。」攻其栅，循单舸走，衆皆降。师旋，晋帝遣侍中黄门劳师于行所。
七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠，尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。
二月，卢循至番禺，爲孙处所破，收余衆南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保其産业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千馀人。帝诛亮，免会稽内史司马休之。
晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命，奉送黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例，策试之。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许，朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施爲南蛮校尉。帝知毅终爲异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以爲副贰，帝僞许焉。九月，藩入朝，帝命收藩及谢混，并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之爲平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。
十一月，帝至江陵，分荆州十郡爲湘州，帝仍进督焉。以西阳太守朱龄石爲益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫骄横，帝每优容之。刘毅既诛，长人谓所亲曰：「昔年醢彭越，今年杀韩信，祸其至矣。」将谋作乱。帝克期至都，而每淹留不进。公卿以下，频日奉候于新亭，长人亦骤出。既而帝轻舟密至，已还东府矣。长人到门，引前，却人闲语，凡平生言所不尽者，皆与及之，长人甚悦。帝已密命左右丁旿自幔后出，于坐拉焉，死于床侧。舆尸付廷尉，并诛其弟黎人。旿骁勇有力，时人语曰，「勿跋扈，付丁旿」。
先是，山湖川泽皆爲豪强所夺，百姓薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。时人居未一，帝上表定制，于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者不在断例。诸流寓郡县，多所并省。以帝领镇西将军、豫州刺史。帝固让太傅、扬州牧及班剑，奉还黄钺。
七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真爲桂阳县公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，馀固辞。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。
帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自爲其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。
十一年正月，帝收休之子文宝、兄子文祖，并赐死，率衆西讨。复假黄钺，领荆州刺史。以中军将军道怜监留府事。休之上表自陈，并罪状帝。休之府录事参军韩延之有干用才，帝未至江陵，密书招之。延之报书曰：「承亲率戎马，远履西偏，阖境士庶，莫不惶骇。辱疏，知以谯王前事，良增叹息。司马平西体国忠贞，款怀待物，以公有匡复之勋，家国蒙赖，推德委诚，每事询仰。谯王往以微事见劾，犹自表逊位；况以大过而当默邪！来示云，'处怀期物，自有由来'。今伐人之君，啖人以利，真可谓'处怀期物'者矣。刘藩死于阊阖之门，诸葛毙于左右之手，甘言诧方伯，袭之以轻兵，遂使席上靡款怀之士，阃外无自信诸侯，以爲得算，良所耻也。吾虽鄙劣，尝闻道于君子，以平西之至德，宁可无授命之臣乎？假天长丧乱，九流浑浊，当与臧洪游于地下。不复多云。」帝视书叹息，以示将佐曰：「事人当如此。」
三月，军次江陵。初，雍州刺史鲁宗之负力好乱，且虑不爲帝容，常爲谶曰：「鱼登日，辅帝室。」与休之相结。至是，率其子竟陵太守轨会于江陵。帝济江，休之衆溃，与轨等奔襄阳，江陵平。加领南蛮校尉。将拜南蛮，遇四废日，佐史郑鲜之等白迁日，不许。下书开宽大之恩。四月，进军襄阳，休之等奔姚兴。晋帝复申前令，授太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，加前部羽葆、鼓吹，置左右长史、司马、从事中郎四人，封第三子义隆爲北彭城县公。八月甲子，帝至自江陵，奉还黄钺，固辞太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其馀受命。
十二年正月，晋帝诏帝依旧辟士，加领平北将军、兖州刺史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜别置，于是罢平北府，以并大府。三月，加帝中外大都督。
初，帝平齐，仍有定关、洛意，遇卢循侵逼，故寝。及荆、雍平，乃谋外略。会姚兴死，子泓新立，兄弟相杀，关中扰乱。四月乙丑，帝表伐关、洛，乃戒严北讨，加领征西将军、司豫二州刺史。以世子爲徐、兖二州刺史。帝欲以义声怀远，奉琅邪王北伐。五月，庐江霍山崩，获六锺，献之天子。癸巳，加领北雍州刺史，前后部羽葆、鼓吹，增班剑爲四十人。八月丁巳，率大衆进发，以世子爲中军将军，监太尉留府事，尚书右仆射刘穆之爲左仆射，领监军、中军二府军司，入居东府，总摄内外。九月，帝至彭城，加领北徐州刺史。十月，衆军至洛，围金墉，降之。修复晋五陵，置守卫。
十二月壬申，晋帝加帝位相国、总百揆、扬州牧，封十郡爲宋公，备九锡之礼，加玺绂、远游冠、绿綟绶，位在诸侯王上。策曰：
朕以寡昧，仰缵洪基，夷羿乘衅，荡覆王室，越在南鄙，迁于九江。宗祀绝飨，人神无位，提挈群凶，寄命江浦，则我祖宗之烈，奄坠于地，七百之祚，翦焉既倾，若涉巨海，罔知攸济。天未绝晋，诞育英辅，振厥弛维，再造区宇，兴亡继绝，俾昏作明，元勋至德，朕实攸赖。
今将授公典策，其敬听朕命：乃者，桓玄肆僭，滔天泯夏，拔本塞源，颠蹶六位，庶僚俛眉，四方莫恤。公精贯朝日，气陵虹蜺，奋其灵武，大歼群慝，克复皇邑，奉歆神只。此公之大节始于勤王者也。授律群后，泝流长骛，薄伐峥嵘，献捷南郢，大憝折首，群逆毕夷，三光旋采，旧物反正。此又公之功也。出藩入辅，弘兹保弼，阜财利用，繁殖黎元，编户岁滋，疆宇日啓，导德明刑，四境有截。此又公之功也。鲜卑负衆，僭盗三齐，介恃遐阻，仍爲边害，公搜乘秣马，敻入远疆，冲橹四临，万雉俱溃，拓土三千，申威龙漠。此又公之功也。卢循祅凶，伺隙五岭，侵覆江、豫，矢及王城，国议迁都之规，家献徙卜之计，公乘辕南济，义形于色，运奇摅略，英谟不世，狡寇穷衄，丧旗宵遁，俾我畿甸，拯于将坠。此又公之功也。追奔逐北，扬旍江濆，偏旅浮海，指日遄至，番禺之功，俘级万数，左里之捷，鸟散鱼溃，元凶远窜，传首万里。此又公之功也。刘毅叛换，负衅西夏，陵上罔主，志肆奸暴，公御轨以刑，消之不日，罪人斯得，荆、衡甯晏。此又公之功也。谯纵怙乱，寇窃一隅，王化阻阂，三巴沦溺，公指命偏帅，授以良图，陵波凭湍，致届井络，僭竖伏鑕，梁、岷草偃。此又公之功也。马休、鲁宗，阻兵内侮，驱率二方，连旗称乱，公投袂星言，研其上略，江津之师，势踰风电，回旆沔川，实繁震慑，二叛奔迸，荆、雍来苏。此又公之功也。永嘉不竞，四夷擅华，五都倾荡，山陵幽辱，祖宗怀没世之愤，遗甿有匪风之思，公远齐阿衡纳隍之仁，近同小白灭亡之耻，鞠旅陈师，赫然大号，分命群帅，北徇司、兖，许、郑风靡，巩、洛载清，百年榛秽，一朝扫涤。此又公之功也。
公有康宇内之勋，重之以明德。爰初发迹，则奇谟冠古，电击强祅，则锋无前对，聿宁东畿，大造黔首。若乃草昧经纶，化融于岁计，扶危静乱，道固于苞桑。蠲削烦苛，较若画一，淳风美化，盈塞区宇。是以绝域献琛，遐夷纳赆，王略所宣，九服率从。虽文命之东渐西被，咎繇之迈于种德，何以尚兹。朕闻先王之宰世也，庸勋尊贤，建侯胙土，褒以宠章，崇其徽物，所以协辅皇室，永隆藩屏。故曲阜光啓，遂荒徐宅，营丘表海，四履有闻。其在襄王，亦赖匡霸，又命晋文，备物光赐。惟公道冠前烈，勋高振古，而殊典未饰，朕甚懵焉！今进授相国，以徐州之彭城沛兰陵下邳淮阳山阳广陵、兖州之高平鲁泰山十郡封公爲宋公，锡兹玄土，苴以白茅，爰定尔居，用建冢社。昔晋、郑啓藩，入作卿士，周、召保傅，出总二南，内外之任，公实兼之。今命使持节、兼太尉、尚书左仆射晋宁县五等男湛授相国印绶，宋公玺绂，使持节、兼司空、散骑常侍、尚书阳遂乡侯泰授宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使符第一至第十左。相国位无不总，礼绝朝班，居常之名，宜与事革。其以相国总百揆，去录尚书之号；上送所假节、侍中貂蝉、中外都督太傅太尉印绶、豫章公印策；进扬州刺史爲牧，领征西将军、司豫北徐雍四州刺史如故。
公纪纲礼度，万国是式，乘介蹈方，罔有迁志，是用锡公大路、戎路各一，玄牡二驷；公抑末敦本，务农重积，采蘩实殷，稼穑惟阜，是用锡公衮冕之服，赤舄副焉；公闲邪纳正，移风改俗，陶钧品物，如乐之和，是用锡公轩县之乐、六佾之舞；公宣美王化，导扬休风，华夷企踵，远人胥萃，是用锡公朱户以居；公官方任能，网罗幽滞，九臯辞野，髦士盈朝，是用锡公纳陛以登；公当轴处中，率下以义，式遏寇雠，涤除苛慝，是用锡公虎贲之士三百人；公明罚恤刑，庶狱详允，放命干纪，罔有攸纵，是用锡公鈇钺各一；公龙骧凤矫，咫尺八紘，括囊四海，折冲无外，是用锡公彤弓一、彤矢百，玈弓十、玈矢千；公温恭孝思，致虔禋祀，忠肃之志，仪刑四方，是用锡公秬鬯一卣，圭瓒副焉。宋国置丞相以下，一遵旧仪。钦哉，其祗服往命，茂对天休，简恤庶邦，敬敷显德，以终我高祖之嘉命！置宋国侍中、黄门侍郎、尚书左丞，即随大使奉迎。枹罕虏乞伏炽盘遣使谒帝，求效力讨姚泓，拜爲平西将军、河南公。
十三年正月，帝以舟师进讨，留彭城公义隆镇彭城。军次陈留城，经张良庙，下令以时修饰栋宇致荐焉。晋帝追赠帝祖爲太常，父爲特进、左光禄大夫，让不受。二月，冠军将军檀道济等军次潼关。三月庚辰，帝率大军入河。五月，帝至洛阳，谒晋五陵。七月，至陕，龙骧将军王镇恶舟师自河浮渭。八月，扶风太守沈田子大破姚泓军于蓝田，王镇恶克长安，禽姚泓。始义熙九年，岁、镇、荧惑、太白聚东井，至是而关中平。九月，帝至长安。长安丰稔，帑藏盈积，帝先收其彜器、浑仪、土圭、记里鼓、指南车及秦始皇玉玺送之都；其馀珍宝珠玉，悉以班赐将帅。迁姚宗于江南，送泓斩于建康市。谒汉长陵，大会文武于未央殿。